Во время патриаршества Диоскора (444-451), который был последователем монофизитского лжеучения Евтихия, в Александрии жил пресвитер Протерий, который бесстрашно обличал еретиков и исповедовал православную веру. В 451 году на Халкидонском Вселенском Соборе ересь Евтихия была осуждена и составлено определение, по которому Христос исповедуется, как Совершенный Бог и Совершенный Человек, пребывающий в двух природах неслиянно и нераздельно. Еретик Диоскор был низложен и изгнан, а на Александрийский патриарший престол был возведен Протерий, отличавшийся строгой и добродетельной жизнью.

Однако, в Александрии оставалось много приверженцев Диоскора, которые восстали против избрания Протерия, произвели мятеж и сожгли воинов, присланных для их усмирения.

Благочестивый император Маркиан (450-457) лишил александрийцев всех льгот, которыми они пользовались, и послал новый усиленный отряд воинов. Тогда жители города смирились и просили Патриарха Протерия ходатайствовать перед императором о возвращении им прежних привилегий. Незлобивый святитель согласился и легко достиг просимого.

После смерти Маркиана еретики опять подняли головы.

Пресвитер Тимофей, домогавшийся патриаршего сана, воспользовавшись отсутствием правителя города, выступил во главе мятежников. Святитель Протерий решил оставить Александрию, но в ту же ночь он увидел во сне святого пророка Исаию, который сказал ему: "Возвратись в город, там я буду ждать тебя". Святой понял, что это - предупреждение о мученической кончине, возвратился в Александрию и укрылся в крестильне.

Мятежные еретики ворвались в это убежище и убили Патриарха и еще шесть человек, бывших с ним. Их не остановило даже то, что происходило это в самый канун Пасхи - в Великую Субботу. В ярости своей они дошли до того, что, привязав веревку к телу убитого святителя, вытащили его на улицу, били, терзали и, наконец, сожгли, а прах развеяли по ветру († 457).

Православные известили об этом святого императора Льва (457-474) и святителя Анатолия, Константинопольского Патриарха (449-458). В Александрию прибыло войско, мятеж был подавлен, Тимофей предан суду и сослан.

По кончине священномученика, современные ему четыре епископа фракийские писали: "Святейшего Протерия полагаем в чине и лике святых и просим Бога быть милосердным и милостивым к нам его молитвами".