Преподобномученик Агафангел, в миру Афанасий, родом из города Эны, Фракийской области, был воспитан в строго православной семье. После кончины родителей он поступил на морскую службу. Турки решили обратить умного и умелого юношу в ислам. Они знали, что он не отречется от Христа по доброй воле, и в городе Смирне напали на святого, нанесли ему рану и, угрожая смертью, заставляли принять ислам. Юноша растерялся и пообещал назваться мусульманином в надежде скоро избавиться от насильников и отречься от этого обещания. Но ему это долго не удавалось, он мучился угрызениями совести и наконец изыскал возможность покинуть город и отправился искать пристанища на Святой Афонской Горе. В Есфигменской обители игумен Евфимий исповедал его и благословил на послушание, которое святой Афанасий проходил с величайшим усердием.

Но и самые трудные подвиги святой Афанасий считал недостаточными, чтобы покаяться в грехе отречения. Он чувствовал, что ему необходимо отдать жизнь за веру во Христа, и стал усердно молиться об этом.

В четвертое воскресение Великого поста девятнадцатилетний юноша был пострижен в монашество с именем Агафангел.

Святитель Николай Чудотворец явился новопостриженному иноку во сне и обещал свою помощь. Игумен обители увидел в том особое знамение и благословил святого Агафангела исповедать в Смирне веру Христову перед теми, кто заставил его от нее отречься.

В Оттоманском судилище исповедник рассказал, как его насильственно заставили принять чуждую веру, публично отрекся от ислама и исповедал себя христианином. Святого Агафангела стали уговаривать и увещевать. Он отвечал: "Гнушаюсь я и увещаниями, и обещаниями вашими, и вами самими. Христа только люблю, Христа моего ищу, Христом моим наслаждаться желаю". Судья стал угрожать ему мучительной смертью. "Готов я за Христа моего вытерпеть все! Все роды мучений принимаю с величайшей радостью! Прошу только не медлить привести в исполнение слова твои", - ответил святой.

Святого Агафангела связали, сковали тяжелой цепью, ноги забили в деревянные колодки и бросили в темницу. Вместе с ним там находились еще два невинно осужденных христианина. Один из них, Николай, после смерти преподобномученика засвидетельствовал его мучения.

На следующий день святой Агафангел в оковах снова предстал перед судом. Мужественно претерпев все истязания, которые приготовили ему турки, он вновь был отправлен в темницу. Николай сообщил ему, что один влиятельный человек ходатайствует перед судом об его освобождении, но святой Агафангел в письме к тому человеку просил не добиваться для него свободы, а молиться Богу об укреплении его в мученическом подвиге.

Святой готовился к последнему испытанию. В полночь ему в видении было открыто, что его казнят не позднее пяти часов, и он с радостью стал ожидать назначенного часа. Около четырех часов за ним пришла стража. Не видя никакой возможности отвратить стойкого исповедника от веры Христовой, судьи решили казнить его. Сосредоточившись в молитве, мученик не замечал ни приготовлений к казни, ни большого стечения народа. Он был обезглавлен около пяти часов утра, 19 апреля 1819 года. Христиане выкупили святые мощи мученика и погребли их в городе Смирне, в храме великомученика Георгия.

В 1844 году часть святых останков преподобномученика Агафангела была перенесена на Святую Афонскую Гору в Есфигменскую обитель.